Europa corre el riesgo de tener focos de fiebre aftosa, como el que se produjo en el Reino Unido en 2001 y que luego se extendió a más países comunitarios. La Autoridad Europea de Seguridad de los Alimentos (AESA) ha recomendado una estrategia para controlar la enfermedad en sus orígenes. Dicha estrategia comprende programas regionales de control (las regiones quedarían definidas en base a sus características epidemiológicas), una asociación global de vigilancia para reducir el riesgo de la fiebre aftosa en todas las regiones y una promoción del comercio seguro de animales de producción. La implementación de esta estrategia llevaría a la erradicación de la fiebre aftosa, pero sería un planteamiento a largo plazo.

Para la AESA, el principal riesgo de entrada de la enfermedad en la UE sería a través de la entrada de animales, carne o productos derivados que estuvieran infectados. Las regiones de donde las importaciones suponen una mayor amenaza son Sudeste asiático y China (Indo-China), Sur de Asia y en menos medida, el este de África y la región africana de Sahel.