El Ministerio brasileño de Agricultura ha decidido adoptar el sistema de compartimentación, de modo que las explotaciones de engorde de porcinos, unidades de genética y mataderos se consideran reconocidas como protegidas contra eventuales riesgos de dichas enfermedades. Este sistema está previsto para un máximo de un año y medio y será voluntario. El Ministerio va a crear un Grupo de Trabajo para formular la instrucción normativa que regulará la subdivisión.

Las compartimentaciones pueden aplicarse a cualquier especie animal y ya está siendo utilizada por la industria avícola en Brasil, para la protección contra la gripe aviar y la enfermedad de Newcastle. El sistema está en control total de riesgo para la salud en todas las etapas de producción, desde el material genético, alimentación, estiércol de aves de corral (alfombrado con las virutas de madera en el suelo de las fincas con el fin de evitar el contacto con el agua y los residuos) entre otros.

La compartimentación elimina la cuestión geográfica, ya que cada granja es un compartimento libre de determinada enfermedad y, en caso de brote de la enfermedad en un estado o región, facilita el mantenimiento de la exportación y el comercio nacional. También permite la negociación de los mercados más exigentes en relación con la condición sanitaria libre de fiebre aftosa sin vacunación, según publica el Boletín Exterior del Mapama.