Existen más de 100 razas de vacas lecheras. Dentro de cada raza, la leche que produce cada animal difiere en el contenido de grasa, proteína y lactosa, por lo que el queso se produce difiere en sabor y calidad. Un estudio llevado a cabo por la Universidad McGill de Canadá ha puesto de manifiesto que conociendo el perfil genético de las vacas se puede predecir cual producirá el mejor queso.

Se han identificado genes de las proteínas de la leche que afectan al rendimiento, la composición y la calidad del queso. Pequeñas mutaciones en el ADN de ciertos genes conduce a cambios en las proteínas, que a su vez generan cambios en el queso. Una mutación en la proteína kappa-caseina está asociado con un mayor rendimiento y otra mutación, con una mayor calidad del queso. En total se han detectado unas 50 variantes genéticas que tienen diversos efectos en la producción de productos lácteos. Dado que estas variantes son hereditarias, se podrían seleccionar animales que las tuvieran.