Los dos mayores grupos de variedades de arroz, indica y japónica, se domesticaron por el hombre de forma independiente, a partir de una única especie silvestre, Oryza rufipogon, en Asia, hace unos 9.000 años, según un NUEVO estudio filogeográfico sobre el origen del arroz.

Hasta ahora existía un amplio consenso sobre que el cultivo del arroz comenzó en una amplia zona que comprende el este de la India, Indochina y el sur de China, pero no existía consenso sobre si el arroz indica y el japónica eran dos domesticaciones independientes o ambas provienen del arroz domesticado.

El arroz indica es el que se corresponde normalmente con el tipo de grano largo, más suelto y consistente; mientras que el arroz japónica es el de tipo de grano medio y redondo.

Tras un análisis genético de la especie ancestral y los diferentes tipos de arroz se ha concluido que el arroz indica se domesticó en la zona del Himalaya, este de India, Birmania o Tailandia, mientras que el japónica procede de otra domesticación independiente sucedida en el sur de China.