Los reglamentos de desarrollo rural de la UE permiten dar ayudas para compensar a los agricultores por los costes o pérdidas que les supone la red europea de espacios protegidos Natura 2000. Estas ayudas pueden alcanzar 500 euros por hectárea los cinco primeros años, y 200 euros anuales por hectárea en los años sucesivos; estos importes pueden rebasarse en casos especiales.

En la práctica, estas ayudas han sido muy poco aplicadas. En los Programas 2007-2013 solo se destinan a estas ayudas 873 millones de euros para los siete años. Esta cifra supone un 0,5% del total de los fondos de desarrollo rural que cofinancia el FEADER. La mitad de los países (incluyendo Polonia, Francia, Reino Unido, Holanda, Dinamarca, Finlandia, etc.) no aplicarán en absoluto estas ayudas. De los que las aplicarán, la mayoría destinan cantidades relativamente bajas, como en el caso de España que ha programado solo 33 millones de euros, lo que representa un 0,2 % de sus fondos de desarrollo rural.

Sólo destaca el caso de Irlanda, que gastará 465 millones de euros para apoyar a sus ganaderos y agricultores afectados por Natura 2000, consumiendo para este fin el 8% de su PDR. Irlanda representa más de la mitad del gasto comunitario en esta línea (53,3%), a pesar de que su territorio Natura 2000 apenas representa el 0,4 de las ZEPA y el 1,2% de los LIC terrestres comunitarios. Le sigue Alemania con el 22% del gasto.

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