El Tribunal de Cuentas Europeo ha llegado a la conclusión de que la Autoridad Europea de Seguridad de los Alimentos (EFSA) no gestionaba debidamente las situaciones de conflicto de intereses. No obstante, esta agencia junto con la Agencia Europea de Medicamentos (EMA) eran las que menos deficiencias presentaban de las 4 agencias europeas analizadas. Ambas han desarrollado las políticas y los procedimientos más avanzados para la declaración, evaluación y gestión de conflictos de intereses.

El Tribunal ha emitido una serie de recomendaciones como examinar posibles conflictos de interés de los candidatos antes de su nombramiento; fijar criterios claros y objetivos de evaluación de las declaraciones de interés y aplicarlos de forma coherente; adoptar políticas y procedimientos aplicables al conjunto de la agencia en lo tocante a regalos e invitaciones y mejorar la transparencia de los intereses declarados en reuniones y procesos de toma de decisiones científicas, entre otras.

En los últimos años se había informado en la prensa de algunos supuestos casos de conflicto de intereses que afectaban a determinadas agencias de la UE y habían suscitado preocupación en el Parlamento Europeo, el cual en 2011 pidió al Tribunal que «llevara a cabo un análisis integral del enfoque de las agencias para el manejo de situaciones en las que existan posibles conflictos de intereses».

El Tribunal de Cuentas seleccionó cuatro agencias europeas, cuyas decisiones fundamentales afectan a la seguridad y la salud de los consumidores, Además de la EFSA y la EMA, se seleccionaron la Agencia Europea de Seguridad Aérea (AESA) y la Agencia Europea de Sustancias y Preparados Químicos (ECHA). El Tribunal ha llegado a la conclusión de que ninguna de las agencias seleccionadas gestionaba debidamente las situaciones de conflicto de intereses, aunque las deficiencias observadas eran de diversos grados.