El Departamento de Protección del Cultivos del Instituto Murciano de Investigación y Desarrollo Agrario y Alimentario (IMIDA), junto con el sector productor, trabajan en la búsqueda de soluciones alternativas a los problemas fitosanitarios del cultivo del pimiento: patógenos y fisiopatías en suelo, tanto de hongos como de nematodos y del denominado cansancio del suelo.

Desde la retirada definitiva, en el año 2007, del bromuro de metilo como desinfectante del suelo, por los efectos adversos que ocasionaba este gas sobre la capa de ozono, en aplicación del Protocolo de Montreal, en la Región de Murcia se vienen empleando soluciones alternativas como la solarización o biofumigación. Esta técnica consiste en la cubrición del suelo con una lámina de plástico en los meses de máxima insolación, lo que genera altas temperaturas y gases tóxicos en el proceso de descomposición del estiércol, provocando así la desinfección biológica del suelo.

También se ha recurrido al empleo de planta injertada con otras especies que poseen raíces más resistentes a las enfermedades y nematodos, lo que ha supuesto una ayuda parcial, aunque con un alto coste económico para los productores.

La carencia de productos desinfectantes registrados se ve atenuada asimismo con autorizaciones excepcionales para la comercialización y uso, durante 120 días, de
desinfectantes de suelo autorizados fuera de la Unión Europea, otorgadas por el Ministerio de Agricultura.

Otro aspecto pionero en la producción agrícola en España, y que ha sido referente internacional, es la implantación generalizada de los sistemas de control biológico mediante la suelta de insectos beneficiosos, para combatir las principales plagas del cultivo de pimiento en la Región.

La producción de pimiento se eleva a 133.000 toneladas, a pesar de haberse reducido en 300 hectáreas la superficie de cultivo, que ha pasado de 1.550 hectáreas en 1977, a 1.270 hectáreas en 2014.