La Unión Europea ha comunicado a España que una parte de los gastos de las obras realizadas por empresas públicas como Tragsa no pueden recibir financiación comunitaria. Se trata del IVA que estas empresas cargan en las facturas y de los costes de gestión que añaden a sus presupuestos. En ambos casos Bruselas considera que al no corresponder a costes reales soportados por la Administración que recibe los fondos comunitarios, estos gastos deben ser excluidos de la financiación comunitaria.

Aunque España ha rechazado el punto de vista de la UE, lo cierto es que las Administraciones afectadas han comenzado a dar de baja estos gastos, ante la amenaza de una posible corrección financiera. Además de a Tragsa, el problema afecta a otras empresas como Egevasa, de la Comunidad Valenciana, o Dap, de la Junta de Andalucía.

Se teme que este inconveniente pueda añadir retraso a la ejecución de los regadíos del Programa Operativo 2000-2006, posponiendo su culminación más tiempo del previsto inicialmente.