La Comisión Europea ha propuesto la devolución de 5.000 millones de euros de los Fondos estructurales del Presupuesto comunitario 2003 que estaban destinados al cierre financiero de los Programas Operativos del período 1994-1999. Este dinero no gastado por el momento será devuelto a los Estados miembros, siendo Alemania el gran beneficiario neto, debido a su posición como principal contribuyente en la financiación del Presupuesto . Por el contrario, el perjuicio financiero es significativo para los Estados miembros que más Fondos estructurales reciben, y en primer lugar para España, a la correspondieron casi un cuarto (el 23%)del total de Fondos estructurales de la UE del período 94-99. La Comisión explica que esta demora se debe a la presentación tardía e incompleta de las solicitudes de saldos de la mayoría de los programas, e incluso a la insuficiencia de controles.

Los Fondos estructurales incluyen el FEOGA-Orientación, que ha financiado en España multitud de actuaciones en el período 94-99, desde la indemnización compensatoria hasta la mejora de regadíos, pasando por las inversiones de la industria agroalimentaria. El retraso en la llegada de los saldos, que en el mejor de los casos no se producirá hasta 2004, perjudica en primer lugar a las arcas de las administraciones Públicas que han financiado estos programas (sobre todo, el MAPA y las Consejerías de Agricultura de las Comunidades Autónomas). Además, en el medio rural hay un quebranto económico directo para los promotores de proyectos financiados por LEADER II y PRODER, que no han recibido los saldos pendientes y que han tenido que recurrir a fondos propios o a financiación ajena con un coste más o menos elevado en función de que hayan existido convenios específicos con entidades financieras para anticipar los fondos pendientes.